本书分4篇，共17章。第1篇为水处理生物学基础，包括原核微生物、古菌、真核(微)生物、病毒、微生物的生理特性、微生物的生长和遗传变异、微生物的生态、大型水生植物；第2篇为污染物的生物分解与转化，包括微生物对污染物的分解与转化、污水生物处理系统中的主要微生物、水生植物的水质净化作用及其应用；第3篇为水质安全与生物监测，包括水卫生生物学、水中有害生物的控制、水质安全的生物检测；第4篇为微生物学的研究方法，包括微生物的基本研究方法、微生物学基础实验。