协商性司法的本质是控辩双方利益互惠的合作司法，正当性在于双方能够通过协商塑造和控制诉讼结果，平等、参与、理性、妥协和互利是其基本要件。按照“协商性的程序正义”标准衡量认罪认罚制度，能够发现存在如下问题：刑事诉讼法提供给被追诉人的“可放弃性权利”不足、弃权自愿性保障机制欠缺充分性、程序设计缺乏“可协商性”且不足以满足参与主体的获利需求，亦缺乏专门协商程序。完善该制度需要构建刑事案件分类处理机制，将犯罪类型化后再分别适用不同的程序处理，在轻、微案件中将认罪认罚协商界定为案件处理机制，重构速裁程序并建立处罚令程序，重罪案件则坚持法官实质性审查，将认罪认罚作为一种案件查明机制，同时全面提升普通程序的精细度，尝试从“协商排除审判”的角度建立与审判并行的“审判外协商程序”例如污点证人制度和附条件不起诉制度等，为提升协商程序的正义性，应当依托公职律师设置公设辩护人并建立系统的证据开示制度以强化认罪认罚协商自愿性保障，平抑检察机关“控诉基因”以促进协商平等，增加辩方协商“筹码”供给，适度扩充检察裁量权，补充控方“协商筹码”，完善受害人救助制度，国家承担起救助被害人的主要责任，为协商创造轻松氛围。