书稿梳理了方以智哲学思想的来源以及历程，力图全面呈现方以智的哲学世界，将其分三个层次：哲学体系、哲学精神、生活世界。哲学体系主要指本体论与体用观，围绕方以智原创的基本哲学范畴――“余”；体用观简称“体用互余”(体为用本用为体本)，这是对“体用一源”与“体用不二”的继承与创新。方以智的哲学体系特点是善用“余”，尤其是对“余”的揭示，显示出他的哲学持色与创造性。在形式上，本书分章论述知行观、人性论、三教观、天人观等，这些章节贯通的内在哲学依据是正余关系。哲学精神包括会通孔庄以托孤、撄宁、“怒化生生”。方以智的哲学精神源于明清鼎革之际的遗民情节，以此化解理想与现实的矛盾。书稿指出，方以智的哲学还具体化为生活场景，如中五道场，将哲学表达在建筑中；他的哲学还表现在国家的理想，即他构建的哲学文化层次的中国。