全书主体内容分为6章，包括绪论、结语，共有8个部分。陈垣的史学思想非常丰富，归结起来，主要是两个领域，即对客观历史的认识和关于史学工作的认识。因此，本书的内容结合20世纪中国社会和中国史学的发展，从历史认识和史学认识两大路径，展开对陈垣史学思想的发掘、研究和论述。在内容框架上，构设了由民族文化史观、宗教史观、史料学思想、历史编纂学思想、治学思想与方法论、史学指导思想的发展变化等六个方面形成的研究体系，以涵盖陈垣对客观历史以及史学研究的深刻认识和丰富的思想内容。