时光倒流到十七世纪的中国，养在深闺、性格温顺的牡丹在她的十六岁庆生活动上被允许观赏当时备受争议的戏曲《牡丹亭》。在为期三夜的演出过程中，她与一名神秘的年轻男子因缘际会相识进而相恋。准备出嫁的牡丹为自己无法拥有真爱而哀痛不已，直到罹患相思病弥留之际，才得知那位神秘男子竟然就是她的未婚夫――吴人。牡丹死后，由于神主牌点主仪式未被完成，她的魂魄找不到归宿，因而无法晋升祖先之列。其后她以鬼魂的姿态出没在吴人四周，并附身在他的新婚妻子谈则体内，希望借由她写在《牡丹亭》上的评注，亲近无缘相认的夫君，继而展开一段为求永恒却备受折磨的漫长旅程。