分子动力学模拟方法是材料科学与工程中重要的研究方法。分子动力学模拟的计算量极其庞大, 属于计算高度密集型的科学计算应用。本书基于高性能计算机体系结构, 针对分子动力学模拟中计算势能的几种方法, 重点讨论了短程力计算算法和长程力计算算法在共享内存和分布式内存体系结构上的并行实现, 综合考虑并行性、非规则计算、数据的时间空间局部性等核心问题, 着重讨论在共享计算机上短程力计算和长程力计算的并行计算模型, 为分子动力学的高性能模拟提供了参考模型。通过本书, 能使读者对分子动力学基本原理和分子动力学模拟在共享内存和分布式内存体系结构计算机上的并行实现, 有一个全面且深入的了解。