鸦片战争不仅使得清政府的财政雪上加霜，也改变了相承已久的榷关制度。《咸同时期的榷关与财政/中华学人丛书》的研究即在这两条线索展开。就财政而言，清政府因为道光二十三年银库案以及相沿已久的各种积弊使自己越来越深地陷入收不抵支的窘境，直至太平天国运动爆发而另寻他途。行钞和大钱等金融改革的方向因多种原因以失败告终，征收商税的提议虽然在朝堂被否决，但却通过地方试行而逐步通行全国。在榷关方面，清政府以微调的方式设立夷税，以应对来自列强的压力。而太平天国运动的爆发使得榷关无法再承担作为重要税收机构的职能，洋税的征收因为进出口贸易的增加与洋税务司的干预而得到列强的支持，其数额不断增加。等到1864年战争结束时，厘金和洋税已然取代榷关成为更重要的商业税征收机构，多年来以农业税为主的国家财政结构自此发生转变。