与前两版相比，《国家抗微生物治疗指南》（第3版）主要在以下几个方面进行了修订。首先参照国内外研究成果，与时俱进，使指南内容和国内外临床抗感染治疗研究成果同步更新；第二，充分考虑新型抗感染治疗研究成果和药物研发，不断补充和完善指南内容；第三，近年新出现的各种感染性疾病的治疗也纳入指南内容，如新型冠状病毒肺炎、耳道念珠菌感染等；第四，对抗菌药物超说明书使用进行了说明，提供了具体操作流程；第五，尽量避免可能导致临床用药错误或者混乱的治疗药物或方案。