地球联邦为人类血统完成融合的新纪元，制造了一百个三位一体由三个人的基因所合成的人类。其中一位基因提供者是正思，一位是他逃离联邦前的女友，还有一位是联邦的主席。而制造三位一体的目的，就在为主席的继承做预备。
　　这一百个三位一体在诞生后陆续夭亡，后只剩两个，其中一个是在地球联邦无编号记录的双头男孩那由他。这位天生的超能力者，因为畸形而不被允许出现在一般人面前，他之得以生存，是因为统治地球联邦的量子电脑玛利亚对他发生了兴趣。
　　在地球联邦出现毁灭征兆之际，那由他也被送往危险的禁区，开始了探索未来的放逐之旅。在那里，他将遭遇改变他，和整个地球命运强大的灭亡力量……