自乾隆五十三年，至同治十三年，福建大员轮值巡台制度实际执行八十六年问，一般有两种情况福建大员才肯轮值巡台：一是轮值之年循例巡台，其职责主要有查察官吏、出具考语，巡阅营武，稽查地方民情等；更多的则是因事巡台，如遇有海盗、发生民变、分类械斗、番界纷争等，福建大员奉命追剿海盗、平定民变、弹压械斗、招垦番地。据统计这八十六年问，共有福州将军三十四人，三十五任，三人巡台；闽浙总督（福建总督）四十八人，四十八任，六人巡台；福建巡抚三十一人，三十四任，三人巡台；福建陆路提督二十六人，二十六任，五人巡台；福建水师提督二十七人，二十七任，十一人巡台。共有二十七人，三十二次巡台，其中，有六人两次巡台。其朝代分布为：乾隆朝三人次，嘉庆朝七人次，道光朝十三人次，咸丰朝0人次，同治朝六人次。另有光绪元年至十一年驻台闽抚七人。
无论是循例巡台，还是因事巡台，每遇轮值巡台之期，一般是由福建督抚奏明朝廷，说明巡台缘由、巡台大员、巡台日期。而巡台大员从离开福建衙署到巡台结束回署，必将其所见所闻一一奏报，因此留下大量珍贵文献。《中央政府管理台湾历史文献丛编：清代福建大员巡台奏折（套装全2册）》依据海峡两岸宫藏档案，整理福建大员轮值巡台和闽抚驻台（光绪元年至十一年）奏摺，并按照参与轮值巡台或驻台的福建大员之官职分为福州将军巡台奏摺、福建督抚巡台奏摺、福建水陆提督巡台奏摺，及其他巡台奏摺，共四卷、四百七十一份。