《大陆地区台湾研究论著目录》论文部分收录1980～2006年间，在大陆地区的部分人文社会科学期刊、大学学报等相关专业刊物上发表的有关台湾人文社会科学综合研究的学术论文、资料与书评；大陆地区的作者在港、澳地区的部分人文社会科学期刊等相关专业刊物上发表的有关台湾人文社会科学综合研究的学术论文等，也一并收录。 著作部部分收录1980～2006年在大陆地区正式出版的有关台湾人文社会科学综合研究的主要著作；大陆地区的作者在港、澳地区正式出版的有关台湾人文社会科学综合研究的主要著作亦予收录。